Пифагор очень внимательно отнесся к совету мудреца. Он обучался в храме Аполлона, изучал философию у Гермодаса, слушал речи лучших мудрецов Греции — Анакреона и Фалеса, но не находила его душа удовлетворения. Юноша понимал, что множество гигантов философии, поэзии, науки и искусства родились на греческой земле, но все их достижения не выходят за пределы чувств, а значит, иллюзорны и преходящи. В науке и философии Эллады нет силы, достаточной для осознания душой самой себя, для соединения ее с Богом. Разум, не направляемый Духом, склонен служить заботам о внешнем, преходящем, и не постигает вечного закона. Поэтому Пифагор к ужасу родителей испросил позволения оставить Самос и отбыть на обучение в Египет. Долгое время Мнесарх не давал своего согласия, и лишь благословение иерофанта храма Аполлона и Гермодаса помогли отцу Пифагора преодолеть отцовский эгоизм и отпустить сына.

Любой процесс, завершаясь, переходит в противоположный процесс.

Иерофант написал молодому подвижнику рекомендательное письмо, в котором просил верховного жреца фараона Амазиса — великого Сопхиза принять на обучение благочестивого отрока. С письмом в кармане Пифагор отбыл на корабле отца в Древний Египет.

Египетские жрецы приняли Пифагора очень неохотно. Мудрецы Египта не доверяли грекам, считали их непостоянными и легкомысленными. Недоверие вызывало и атлетическое сложение самосца. Ростом Пифагор был 184 сантиметра и сложен как Аполлон, что, по мнению худеньких и невысоких жрецов, могло служить серьезным препятствием для развития сенситивных способностей неофита. Поэтому они сделали все, чтобы лишить бодрости и храбрости молодого подвижника. Самые сложные испытания и экзамены приготовили жрецы для Пифагора. Но благочестивый юноша с непоколебимым терпением и мужеством встретил все препятствия и испытания, ибо интуитивно знал, что божественное знание приобретается лишь после того, как воля победит все низшее существо человека.

Когда строгие и бесстрастные экзаменаторы увидели в Пифагоре необычайную силу души и безмерную, сверхличную страсть к знанию, они открыли перед ним все сокровище своего опыта. Пифагора лично принял мудрый Сопхиз и посвятил его в Школу Левого Глаза Гора. Двенадцать лет обучался Пифагор в этой мистической школе, и на каждом шагу его головокружительного обучения, испытания становились все труднее и труднее. Сотни раз приходилось ему рисковать жизнью, в особенности, когда начались инициации в оккультных науках. После успешной защиты «диплома», Пифагора приняли в Школу Правого Глаза Гора, где он провел еще 12 лет. В учебных залах египетских храмов он переплавил всю свою природу и закалил дух. Пифагор изучил сакральную геометрию, священную математику, божественную науку чисел или всемирных принципов, из которой он в будущем сделал основу своей системы.