После рождения сына набожный Мнесарх часть своего имения пожертвовал храму и отдал Пифагора на обучение в школу храма Аполлона. Там талантливый отрок проявил недюжинные способности практически во всех науках и искусствах: в математике и риторике, астрологии и поэзии, алхимии и музыке, ораторском искусстве и медицине, философии и анатомии. Молодой послушник участвовал в служениях храма Аполлона, исполнял орфические гимны и был допущен до Элевсинских мистерий. Он прекрасно играл на лире, с семи лет писал возвышенную музыку, разбирался в огранке бриллиантов, мастерски лепил из глины фигурки Аполлона и других богов, но особенно хорошо у Пифагора получались вдохновенные стихотворения. Не зря говорят, что у талантливого человека – все талантливо. Учителя и жрецы прочили ему славу «нового Гомера и Гесиода». Юноша отличался остротой ума, недетской мудростью, но имел свой взгляд на вещи и по многим вопросам не соглашался с закостенелыми учителями. Многие преподаватели жаловались иерофанту на «дерзость» и «непослушание» гениального отрока.
По воле судьбы знаменитый самосский мудрец Гермодас присутствовал на празднике Солнца в храме Аполлона и лично беседовал с Пифагором. Потрясенный до глубины души неизмеримостью познаний юноши, блестящей смелости в суждениях и его простоте и образности выражения мысли, Гермодас обратился к иерофанту храма: «Кто этот юноша?» «О! Слава Аполлону! — воздел руки к Солнцу старый жрец, — Истина есть душа Аполлона, Свет есть Его тело, а этот отрок — Глагол Аполлона!» — и Иерофант рассказал философу о пророчестве Пифии. Задумавшись, Гермодас испросил позволения лично возглавить обучение Пифагора.
В Древней Элладе было принято устраивать публичные диспуты с участием знаменитых мыслителей. Главы многочисленных философских школ и направлений считали за честь победить в таком ученом споре. Едва Пифагор поступил в школу Гермодаса, как на Самос прибыл один из самых известных мудрецов Греции — Анаксимандр из Милета. Как всегда он вызывал на диспут самосских философов. Хитроумный Гермодас понимал, что никому из его школы не сравняться в мудрости с Анаксимандром, поэтому он решил выставить на философское состязание малолетнего Пифагора. Дескать, если юноша сможет противостоять умозаключениям великого Анаксимандра, то слава его школы прогремит на всю Элладу, ну а если проиграет, то всегда можно сослаться на то, что мудрец состязался с малолетним отроком.
Итак, самый необычный за всю историю Древней Эллады диспут состоялся. Однако строгие старейшины ареопага впервые не смогли выявить победителя, так как в самом начале дискуссии великий Анаксимандр удивленно вскинул бровь: «Кто ты, юноша? Не иначе сам Аполлон вещает через твои уста!» И два мудреца, один убеленный сединами, другой — безусый малец, уже не прибегали к софистским уловкам и демагогии, не блистали неразрешимыми парадоксами, а вели возвышенную беседу о самом главном: об Едином Боге, о Творении Мира, об Абсолютной Реальности и предназначении человека. В конце разговора о божественном, Анаксимандр призвал Пифагора отправиться в Египет и познать себя, ибо «если сыны Эллады обладают знанием богов, то знание Единого Бога сохраняется лишь в одном Египте».