Постепенно он погрузился в их удивительный мир: богатый образный язык, стихийную мудрость, непосредственное восприятие окружающей действительности. Он смог увидеть и восстановить коренную связь Славяно-Арийских народов на основе языка, Веры и культурной традиции. Итогом многолетней работы явилось самое полное собрание «Русских народных сказок» и исчерпывающий труд в области славянской мифологии «Поэтические воззрения Славян на Природу».
Оба направления деятельности учёного имели огромное значение. Собрание сказок давало ясное представление о народном творчестве, где простодушие соседствовало с лукавством, простота с мудростью, доброта с едкой насмешкой.
Сборник «Народные русские легенды», вышедший в 1860 г., включал в себя «Сказки для взрослых», среди которых были 33 народных рассказа о жизни святых и Христа с точки зрения народа, и некоторые оценки были весьма нетрадиционны. За это сборник вскоре был запрещён по настоянию Святейшего Синода. Сказки с подобным содержанием, а также эротические сказки вошли в сборник «Заветные сказки», рукопись которого А.Н. Афанасьев тайно переправил в Европу.
В 1862 г. в квартире А.Н. Афанасьева был произведён обыск, хоть и никакого официального обвинения предъявлено не было, это послужило поводом для гонений неудобного церкви и властям учёного, что, в свою очередь, привело к увольнению Александра Николаевича со службы и явилось причиной его ранней и трагической кончины.
В советское время иопытки издания «Мифологических воззрений Славян на Природу» также встретили ряд препятствий. В сильно сокращённом варианте эта книга вышла в начале восьмидесятых годов после личного указания Ю.В. Андропова.
Этот факт передаёт рассказ Юрия Михайловича Медведева — писателя, лауреата Пушкинской премии, Научного секретаря Национального Фонда Древнерусской Ведической Культуры «СВАРОГЪ», который получил это самое разрешение на издание из уст самого Ю.В. Андропова: «Я учился в Литературном институте им. Горького в начале шестидесятых годов. Это было время политической «оттепели». Стали возвращаться в Москву после лагерей известные люди, писатели. Мы, конечно, искали общения с ними — живыми свидетелями тех суровых времён. В одной литературной компании я познакомился со Светланой Есениной — племянницей Сергея Есенина. И она мне рассказала о том, что, по её мнению, без трёхтомника Александра Николаевича Афанасьева С. Есенин не состоялся бы как поэт. Оказалось, что в грозные годы разрухи Есенин на мешок соли выменял трёхтомник
А.Н. Афанасьева и досконально его изучил.
Я подумал: «Что за Афанасьев?» и пошёл в Ленинскую библиотеку, где взял трёхтомник А.Н. Афанасьева «Поэтические воззрения Славян на Природу» 1864–1869 годов издания. Прочитав его, я понял, что чувствовал Сергей Есенин, держа в руках эту бесценную книгу. Я стал задавать вопросы другим писателям воинствующего поколения: «Почему не переиздаётся А.Н. Афанасьев? В чём тут дело?» Оказалось, что в ту пору всё славянское было под очень жёстким запретом, так же как и русское. Не было даже членов Политбюро по России, были только кандидаты!