После возвращения из своих странствий по Великой Греции Пифагор основал школу или, как ее часто называют, «академгородок» в Кротоне, дорийской колонии в Южной Италии. Поначалу в Кротоне на него смотрели искоса. Но Пифагор выступил на форуме с зажигательной речью о смысле жизни, и горожане пошли за ним. В первый день после его публичной лекции в его школу записалось 2 тысячи кротонцев. Через некоторое время власть имущие уже искали его совета в делах города. В то время население Кротона насчитывало более 150 тысяч человек. Пифагор собрал вокруг себя группу преданных учеников, которых посвятил в глубокую мудрость, открытую ему Гермесом, а также посвятил в основы оккультной математики, музыки и астрономии, которые рассматривались им как треугольное основание для всех искусств и наук. Когда ему было около ста лет, в него влюбилась 16-летняя девушка — ученица школы. Она призналась Учителю в любви и сказала, что если он не женится на ней, то она утопится в море. Пифагор долго думал, а потом женился на юной красавице. И у них через некоторое время родилось семь детей — семь благословенных сыновей. Его жена была сильной и талантливой женщиной, которая не только вдохновляла его всю оставшуюся жизнь, но и после его «ухода» из мира людей продолжала распространять учение Пифагора по всему миру.
Как это часто случается с гениями и праведниками, своей искренностью и честностью Пифагор вызвал и политическую, и личную враждебность со стороны богатых горожан Кротона. Среди желавших принять Посвящение был один знатный богач, которому Пифагор отказал в этом. И тогда разгневанный богач решил уничтожить Пифагора. Уничтожить и человека, и его учение. Через ложные слухи, подкуп и наговор этот человек возбудил в простых людях недовольство философом. Он говорил жителям Кротона, что засуха и неурожай, войны с соседями и неуспех в торговых предприятиях вызваны колдовством пифагорейцев. Однажды богач выкатил на мостовые улицы города 130 бочек вина и подпоил бедноту города. А когда толпа перестала соображать, то богач подбил пьяных людей на погром пифагорейской школы. Натравленная толпа безработных и пролетариев, вооружившись топорами, ножами и кольями, окружила «академгородок» со всех сторон и стала поджигать храмы. После короткого штурма разнузданная банда грабителей и убийц ворвалась на территорию городка и стала жечь и убивать всех обитателей школы. Пифагор приказал не сопротивляться убийцам, а, только, встав на колени, молиться и просить прощения у Бога.
Однако в горящем доме Пифагора ученики образовали мост из своих тел. 500 учеников сплели свои руки и ноги так, что образованный живой мост парил над полыхающими языками пламени. Ученики живыми вошли в огонь для того, чтобы их Учитель прошел по живому мосту через огонь и спасся за высоким забором в ближайшем лесу. Однако Пифагор наотрез отказался спасаться. Он сел в позу лотоса и левитируя в двух метрах над полом сгорел заживо в своем доме на глазах у изумленных бандитов. С ним хотели остаться и сгореть все ученики. Но перед «уходом» Пифагор приказал своим сыновьям вывести через подземный ход в близлежащий лес уцелевших учеников и с этой группой основать школу на берегу Мертвого моря.
Выжившие его ученики, 300 человек, пытались продолжить его учение в Иудее под именем ессеев. В других европейских странах они, как только о них прознавали власти, всякий раз подвергались гонениям. Поэтому к сегодняшнему дню мало что осталось от свидетельств величия этого философа. Говорят, что его ученики никогда не произносили его имени, а использовали слова Мастер или Этот Человек. Это происходило, возможно, потому, что по преданию имя Пифагора состояло из специальным образом упорядоченных букв и имело огромное священное значение. Пифагор посвящал своих учеников-кандидатов посредством определенной формулы, скрытой в буквах его имени. Это может быть объяснением того, почему имя Пифагор столь высоко почиталось.