Его находки были опубликованы в «Discoveries in Egypt, Ethiopia and the Peninsula of Sinai 1842—1845» и «Letters from Egypt, Ethiopia and Sinai», причем последняя работа (перевод с немецкого) включала в себя полный текст его отчетов королю Пруссии, под чьим патронажем была организована экспедиция. Лепсиус высказал сомнения относительно горы Мусы почти сразу же, как только прибыл на место: «Удаленность этого района, большое расстояние от оживленных дорог и местонахождение на высоком горном хребте, – писал он, – …делает его необыкновенно привлекательным для отдельных богомольцев, но по той же причине он непригоден для многочисленного народа». Он был убежден, что сотни тысяч «сынов Израиля» просто не выжили бы среди пустынных гранитных скал на протяжении довольно длительного промежутка времени (почти год), когда народ под предводительством Моисея оставался у горы Синай. Самые старые монастырские предания относятся к шестому веку нашей эры, и поэтому не могут служить достоверным источником информации.
Гора Синай, подчеркивал он, возвышалась над пустынной равниной; в Священном Писании ее также называют горой Хорив, что означает «сушь». Пик Мусы расположен среди других гор, и эта местность не страдает от недостатка воды. С другой стороны, прибрежная равнина вблизи горы Сербаль вполне удовлетворяет необходимым условиям – она достаточно велика, чтобы вместить тысячи израильтян, наблюдавших за богоявлением, а соседний оазис Вади-Фирран является единственным местом, способным прокормить всех этих людей и их скот в течение года. Более того, лишь наличием этого плодородного оазиса можно объяснить неожиданное нападение амалекитян (в Рефидиме, неподалеку от горы Синай); в окрестностях пика Мусы нет такого плодородного места, за которое стоило бы сражаться. Моисей привел свой народ к горе в поисках пастбищ для скота – эти пастбища он мог найти в Фирране, но никак не на пустынной горе Мусы.
Но если не гора Мусы, то почему гора Сербаль? Помимо ее «правильного» местоположения в Вади-Фирране, Лепсиус обнаружил и конкретные доказательства. С восхищением описывая гору, он сообщал, что на ее вершине обнаружил впадину, вокруг которой пять пиков выстроились полукругом, образовав нечто вроде короны. В центре этой впадины он наткнулся на развалины древнего монастыря. Именно в этом углублении, предположил Лепсиус, и явился Господь во всей своей славе – за богоявлением наблюдал народ Израиля, собравшийся на равнине к западу от горы. Что касается нестыковок в маршруте Исхода, которые обнаружил Робинсон в версии Буркхардта, то Лепсиус предложил альтернативный маршрут к горе Сербаль, свободный от этих противоречий.
Выводы такого авторитета, как Лепсиус, противоречили устоявшимся взглядам в двух пунктах: во-первых, он настойчиво отвергал отождествление горы Синай с пиком Мусы, а во-вторых, он поставил под сомнение маршрут Исхода, который раньше считался общепризнанным.
Последовавшие за публикацией его работ споры не утихали на протяжении четверти века и побудили взяться за перо других исследователей, в частности Чарльза Фостера («The Historical Geography of Arabia; Israel in the Wilderness») и Уильяма Г. Бартлета («Forty Days in the Desert on the Track of the Israelites»). Они высказали новые предположения, догадки и сомнения. В 1868 году британское правительство совместно с Фондом изучения Палестины организовало полномасштабную исследовательскую экспедицию на Синай. Группу возглавляли капитаны Чарльз У. Уилсон и Генри Спенсер Палмер из Королевских инженерных войск; в состав ее входил также известный востоковед и арабист профессор Эдвард Генри Палмер. Официальный отчет экспедиции («Ordnance Survey of the Peninsula of Sinai») был дополнен работами обоих Палмеров.