Поиски горы Синай были неразрывно связаны с теорией «южного перехода», или «южного маршрута» Исхода. Согласно этой гипотезе, народ Израиля пересек Красное море (с запада на восток) в самом начале Суэцкого залива. Оказавшись на восточном берегу, беженцы двинулись на юг вдоль прибрежной полосы, а затем повернули в глубь полуострова и направились к горе Синай (этим маршрутом двигался, к примеру, Буркхардт).
Теория южного маршрута имеет глубокие и вполне объяснимые корни и опирается на несколько известных легенд. По свидетельству греческих источников, Александру Македонскому рассказали, что евреи переправились через Красное море в самом начале Суэцкого залива, и царь попытался повторить их «переход».
Следующим великим завоевателем, попытавшимся повторить этот подвиг в 1799 году, был Наполеон. Его инженеры обнаружили, что в устье Суэцкого залива, там, где он вдается в сушу, существует подводный хребет шириной около 600 футов, протянувшийся от одного берега до другого. Отважные местные жители проходили по этому пути во время отлива, когда вода доходила им до плеч, а при сильном восточном ветре морское дно почти полностью освобождалось от воды.
Инженеры Наполеона вычислили подходящее время и место, чтобы император попробовал повторить путь «сынов Израиля», но неожиданная смена направления ветра привела к тому, что в течение нескольких минут подводный хребет скрылся под слоем воды толщиной более 2 метров. Великий император едва избежал гибели.
Этот опыт лишь укрепил убежденность исследователей девятнадцатого века, что чудесный переход через Красное море действительно имел место в самом начале Суэцкого залива. Ветер мог открыть проход, а его внезапное изменение могло стать причиной гибели армии преследователей. На противоположном берегу залива, на Синайском полуострове, располагались местечки Джебел Марр («горькая гора») и Вир Марр («горький источник») – эти имена соответствовали библейскому рассказу, согласно которому после перехода через Красное море израильтяне оказались в Мерре, где вода была горькой. Еще южнее находился оазис Аюн-Мусса – «источник Моисея». Не это ли была следующая остановка Исхода, Елим, запомнившаяся своими чудесными источниками и многочисленными финиковыми пальмами? Таким образом, гипотеза «южного перехода» вполне согласуется с южным маршрутом – независимо от того, где был сделан поворот в глубь полуострова.
«Южный переход» также соответствовал доминировавшим в то время представлениям о Древнем Египте и положением, которое занимали в этой стране израильтяне. Историческим сердцем Египта считалась ось Гелиополь – Мемфис, а рабский труд сынов Израиля якобы использовался при возведении пирамид близлежащей Гизы. Отсюда их путь шел прямо на восток, к Суэцкому заливу и лежащему за ним Синайскому полуострову.