Можно представить, с какой радостью братия встретили нового игумена, своего давнего наставника. Приняв игуменство, Сергий ничего не изменил в обращении своем с братией, ни в своей труженической жизни, лишь принял большую ответственность. Так же как и раньше нес он все работы и служил братии, "как раб купленный", и одежду носил ветхую и покрытую заплатами, так что трудно было различить, кто был старший из них и кто младший, ибо Преподобный с самых первых дней воплотил в образе своем завет первенства, указанный Христом: "Кто хочет между вами быть первым, да будет всем слугою".
В первые годы существования Обители ощущалась сильная скудность и недохватки. "Все худостно, все нищетно, все сиротинско,- как выразился один мужичок, пришедший в Обитель Преподобного повидать прославленного и величественного игумена.- Чего ни хватись, всего нет". Нередко случалось, что в Обители не было ни вина для совершения литургии, ни фимиама, ни воска для свечей; тогда, чтобы не прекращать богослужения, зажигали в церковке на вечерние службы березовую лучину, которая с треском и дымом светила чтению и пению. Но зато "сердца терпеливых и скудных пустынников горели тише и яснее свечи, и пламень душ их достигал Престола Вышнего". Так находим свидетельство другого подвижника, по времени близкого к Преподобному Сергию, который пишет: "толику же нищеты и нестяжения имеяху, яко во обители Блаженного Сергия и самые книги не на хартиях писаху, но на берестах". И, действительно, все богослужебные книги и многие другие священные писания были переписаны братией и самим Преподобным в часы досуга на досках и бересте. Образцы этих трудов, так же как первые деревянные священные сосуды и фелонь Преподобного из некрашеной крашенины с синими крестами, хранились в Лаврской библиотеке и ризнице.
Свидетельствуя об игуменстве Сергия, тот же подвижник пишет: "слышахом о Блаженном Сергии... от неложных свидетелей, иже бяху в лета их, яко толику бодрости и тщание имеяху о пастве, яко ни мало небрежение или прослушание презрети. Бяху бо милостив, егда подобаше и напрасни, егда потреба быше, и обличающе и понуждающе ко благому согрешающие..." Все это дает нам облик вечно бодрствующего, зоркого наставника, следящего за каждым братом, особенно же за новичком, и, при всей мягкости своей, не допускающего уклонений от установленных правил. Введенная им суровая дисциплина, требовавшая от учеников постоянной бдительности над мыслями, словами и поступками своими, сдедала из его Обители воспитательную школу, в которой создавались мужественные, бесстрашные люди, воспитанные на отказе от всего личного, работники общего блага и творцы нового народного сознания.
Приведенные Епифанием в жизнеописании установленные Преподобным правила указывают на суровость этой дисциплины. Так, после вечерни не разрешалось братии выходить из келий и беседовать друг с другом. Каждый должен был пребывать в своей келий и упражняться в молитве, в уединенном богомыслии и, чтобЬ" руки их не были праздны, заниматься рукоделием, не давая возможности лености овладеть телом.