В этот острый момент умер патриарх Иосиф (1652). Нужно было избрать нового патриарха; без патриаршего благословения в ту пору на Москве никакого государственного, а уж тем паче церковного мероприятия провести было невозможно. Сам царь Алексей Михайлович, человек благочестивый и набожный, был сильно заинтересован в скорейшем избрании патриарха и хотел видеть на патриаршем престоле своего «собинного друга» — новгородского митрополита Никона, которого очень ценил и с которым всегда считался.
Типичный человек акматической фазы, будущий патриарх московский Никон был человеком крайне тщеславным и властолюбивым. Происходил он из мордовских крестьян и в миру носил имя Никиты Минича. Сделав головокружительную карьеру, Никон прославился твердым нравом и суровостью, характерной не столько для церковного иерарха, сколько для светского властителя. Не удовлетворяясь своим огромным влиянием на царя и властью над боярами и руководствуясь принципом «Божее выше царева», Никон задумал узаконить свои права, получив власть в государстве, равную царской.
Вопрос об избрании Никона на патриарший престол был решен заранее, так как многие бояре поддержали желание царя и в пользу кандидатуры Никона высказались в своих посланиях православные патриархи Востока: константинопольский, иерусалимский, антиохийский и александрийский. Никон, конечно, знал об этом, но, желая иметь абсолютную власть, прибег к давлению. Во время процедуры поставления в патриархи он в присутствии царя демонстративно отказался принять знаки патриаршего достоинства. Все были потрясены, сам Алексей Михайлович опустился на колени и со слезами на глазах умолял Никона не отказываться от сана. И тогда Никон сурово спросил, будут ли его в случае избрания чтить как отца и архипастыря и дадут ли ему устроить Церковь в соответствии с его желаниями. Лишь получив царское слово и согласие на это всех присутствовавших, Никон согласился взять символ патриаршей власти — посох первого жившего в Москве русского митрополита Петра.
Царь исполнил свое обещание. Никон получил огромную власть и аналогичный царскому титул «Великого Государя» (1652). Но, будучи человеком пассионарным, Никон в соответствии с духом времени не всегда был сдержан, распоряжаясь своей властью, не только по отношению к людям Церкви, но и по отношению к князьям и боярам. Поэтому Алексею Михайловичу иногда приходилось браться за перо и в письмах просить Никона быть помягче к тому или иному вельможе, который имел несчастье прогневать патриарха.