Беспорядок обнаружился и в Церкви, которая не смогла выполнить роль «духовного врача», хранителя нравственного здоровья народа. Естественно, что после Смуты реформа Церкви стала самой насущной проблемой. Реформу проводили не архиереи, а священники: протопоп Иван Неронов, духовник юного царя Алексея Михайловича Стефан Вонифатьев, знаменитый Аввакум. Эти «ревнители благочестия» действовали по двум направлениям. Во-первых, в области «социального христианства», под которым подразумевались устные проповеди и непосредственная работа среди паствы: закрытие кабаков, устройство богаделен, приютов для сирот. Во-вторых, они занимались исправлением обряда и собственно богослужебных книг.
Остро стоял вопрос о так называемом многогласии. В храмах Великороссии для экономии времени практиковались одновременные службы разным святым и разным праздникам, ибо службы были очень длинные и выстаивать их целиком московитам было недосуг: то в Орду надо ехать, то в Тверь, а то с татарами сшибка. В предшествующие времена многогласие никого не волновало. Иначе взглянули на него в эпоху бунтов и самозванцев: теперь казалось, и в этом был резон, что прихожане выходят из-под влияния Слова Божьего. Это надлежало исправить и было исправлено. Единогласие восторжествовало.
Однако конфликтная ситуация этим не была исчерпана, напротив, конфликт только разрастался. Его обусловили различия в московском и греческом обряде, прежде всего в перстосложении: великороссы крестились двумя перстами, греки — тремя. Эти различия привели к спору об исторической правоте. Фактически спор свелся к выяснению вопроса о том, появился ли русский церковный обряд — двуперстие, осьмиконечный крест, богослужение на семи просфорах, сугубая «аллилуйя», хождение посолонь, то есть по солнцу, при совершении обрядов и так далее — в результате искажения невежественными переписчиками богослужебных книг или нет.
Доказано (в частности, Е.Е.Голубинским — самым авторитетным историком Церкви), что русские вовсе не исказили обряд и что в Киеве при князе Владимире крестились двумя перстами — точно так же, как крестились в Москве до середины XVII в. Дело в том, что в эпоху христианизации Руси в Византии пользовались двумя уставами: Иерусалимским и Студийским, — которые в обрядовом отношении разноречили. Восточные славяне приняли и соблюдали первый; у греков, а вслед за ними и у других православных народов, в том числе у малороссов, возобладал второй.
Вообще следует сказать, что обряды — это не догматы. Догматы должны быть святы и нерушимы, обряды же могут меняться, что на Руси происходило не раз, и притом без особых потрясений. Например, при митрополите Киприане: в 1551 г. Стоглавый собор понудил псковичей, употреблявших троеперстие, вернуться к двуперстию. Но к середине XVII в. обстоятельства радикально изменились. Уходила в прошлое «светлая Русь» с ее относительным единством в мировоззрении и поведении людей. Стране предстоял троякий выбор: изоляционизм (путь Аввакума); создание теократической вселенско-православной империи (путь Никона); вхождение в «концерт» европейских держав (выбор Петра), с неизбежным подчинением Церкви государству. Присоединение Украины сделало проблему выбора еще актуальнее, ибо приходилось думать о единообразии церковного обряда. Появившиеся на Москве еще до присоединения Украины киевские монахи, самым замечательным из которых был Епифаний Славинецкий, стали настаивать на исправлении церковной службы и книг в соответствии со своими представлениями.