Любопытство испанского духовенства было разбужено тем обстоятельством, что индейцы Анд верили в Высшего Творца и что их легенды рассказывали о Потопе. Выяснилось, что многие подробности местных мифов непостижимым образом совпадают с тем, что написано в библейской Книге Бытия. Поэтому среди различных теорий относительно происхождения самих индейцев и их верований на первый план естественным образом выдвинулась та, которая связывала их с землями и народами, упоминаемыми в Библии.
Так же, как и в Мексике, после перебора различных версий самой правдоподобной была признана теория о десяти потерянных коленах Израиля, позволявшая объяснить не только сходство местных легенд с библейскими историями, но и такие совпадавшие с библейскими заповедями традиции перуанских индейцев, как вкушение первых плодов на празднике Искупления в конце сентября, который по своей сути и времени проведения совпадал с еврейским Днем Искупления, ритуал обрезания, запрет на кровь в мясе животных и на употребление в пищу рыбы без чешуи. На празднике Первых Плодов индейцы распевали загадочные слова Йо Мешика, Хе Ме-шика, Ва Мешика, и некоторые испанские ученые мужи были склонны слышать в слове Мешика древнееврейский термин «машиаш» — мессия.
(Современные ученые проводят параллель между компонентомИрав именах богов индейцев Анд и месопотамскими компонентамиИра/Илла,от которых происходит библейскоеЭль,считают идола инков Малкис эквивалентом ханаанского божества Мо-лех («Владыка»), а также полагают, что титул вождей инков «Манко» происходит от семитского слова, имеющего значение «царь».)
Именно в свете этих теорий библейско-израиль-ского происхождения индейцев католические иерархи Перу после первой волны разрушений стали записывать и сохранять индейское наследие. Местных священников, таких, как отец Блас Валера (он был сыном испанца и индианки), поощряли записывать все, что они знали и слышали. Еще до конца шестнадцатого века под покровительством епископа Кито были предприняты серьезные усилия для составления сборника местных легенд, исследования всех известных древних памятников, а также собрания в одной библиотеке всех исторических манускриптов. Собранные тогда сведения послужили основой многих последующих исследований.
В 1628 году в Перу прибыл испанец по имени Фернандо Монтесинос, заинтересовавшийся теориями происхождения индейцев и решивший изучить собранные манускрипты; остаток своей жизни он посвятил составлению всеобъемлющей и хронологически достоверной перуанской истории и предыстории. Двадцать лет спустя он закончил свой главный труд «Memorias Antiguas Historiales del Peru» и отдал его в библиотеку монастыря Сан-Хосе де Севилья. Здесь, неопубликованная и забытая, рукопись пролежала целых два столетия, пока отрывки из нее не были включены во французскую историю Америки. Полный испанский текст увидел свет лишь в 1882 году (английский перевод П. А. Минза был опубликован в Лондоне в 1920 году).