Процесс клонирования был медленным и требовал участия «богинь рождения», поскольку человек, как и любой другой гибрид, не был способен к самостоятельному размножению. Поэтому для ускорения этого процесса Энки предпринял вторую манипуляцию с генами — на этот раз по собственной инициативе. Поработав с тем, что мы сегодня называем хромосомами X и Y, он дал человеческой расе возможность самостоятельно размножаться. В Библии это событие нашло отражение в виде рассказа о пребывании Адама и Евы в саду Эдема (шумерский ЭДИН), где Энки играл роль «нахаш» — это слово, которое обычно переводится как «змей», также имеет значение «тот, кто знает тайны».
Энлиль, вместе со всеми проголосовавший за начало генетического эксперимента, сделал это неохотно. В отличие от великого учёного Энки его не увлекала научная задача. Можно даже представить, как он говорил: «Мы прилетели на эту планету вовсе не для того, чтобы разыгрывать из себя бога». Энлиль пришёл в ярость, узнав о втором (самовольном) генетическом эксперименте Энки. Он обвинил сводного брата в том, что тот сделал «примитивного человека» похожим на аннуна-ков; ещё один шаг, и человек отведает плодов от древа жизни.
Поэтому человечество было изгнано из сада Эдема и предоставлено самому себе. Однако люди выжили, расплодились и вскоре заселили всю Землю. Недовольство Энлиля усилилось, когда аннунаки стали вступать в связь с земными женщинами и от этих связей даже рождались дети. В Библии (Бытие, глава 6) рассказ о нефи-лим («спустившиеся с небес»), «сынах Божьих», которые вступали в связь с земными женщинами, служит прелюдией к истории о Великом потопе и призван объяснить, почему было принято решение уничтожить род людской.
Энлиль представил свой план на Совет Богов. Он сообщил, что грядёт ужасная катастрофа. Следующее сближение Земли с Нибиру вызовет огромную приливную волну, которая затопит всю планету. Если не предупредить об этом людей, человечество погибнет. Боги согласились с ним и поклялись блюсти тайну. Вместе со всеми клятву дал и Энки, однако он нашёл способ предупредить своего преданного сторонника Зуисудру (в Библии это Ной). Энки проинструктировал его, как построить ковчег, чтобы сохранить семью, друзей, а также спасти от уничтожения различных животных.
Рассказ о Великом потопе — одна из самых длинных историй Библии. Тем не менее это лишь краткое изложение гораздо более подробных шумерских и аккадских текстов, повествующих об этой катастрофе. Когда воды Потопа отступили, смягчился даже непримиримый Эн-лиль. Аннунаки осознали, что все построенное ими на Земле уничтожено и что они нуждаются в человеке, чтобы планета вновь стала обитаемой. С согласия Энлиля аннунаки стали помогать культурному и технологическому прогрессу человечества — это происходило с интервалом 3600 лет, равным периоду обращения Нибиру вокруг Солнца. Кульминацией этого процесса стало появление шумерской цивилизации.
Накануне Потопа аннунаки воспользовались космическими кораблями, чтобы избежать опасности, и наблюдали за катастрофой с орбиты Земли. Человечество было уничтожено, а всё, что было построено за 432 тысячи лет, оказалось смыто волной или погребено под толстым слоем грязи — в том числе и космопорт в Эдине.