Из древних мифов мы узнаем, что аннунаки, приняв решение рыть глубокие шахты в Абзу, также основали научную станцию наблюдения на южной оконечности Африки. Руководила этой станцией Эрешкигаль, внучка Энлиля. Шумерский эпос рассказывает о полном опасностей путешествии Энки и Эрешкигаль к далёкой горе Кур, причём в этом путешествии Энки похитил или насильно удерживал богиню.
(Другие легенды рассказывают о нападении на научную станцию Нергала одного из сыновей Энки. Причиной конфликта стало оскорбление, нанесённое юному богу посланником Эрешкигаль. В последний момент Эрешкигаль спаслась, предложив Нергалу жениться на ней и совместно владеть «таблицами мудрости», которые хранились на станции.)
Когда расположенная на южной оконечности Африки научная станция сообщила о грозящей планете опасности - антарктический ледяной щит стал нестабилен и плавал на прослойке из ледяной крошки и грязи, - Энлиль увидел в этом возможность избавиться от человечества. Опасность усиливалась тем, что в этот период Нибиру как раз приближалась к Земле, и гравитационное поле гигантской планеты могло нарушить хрупкое равновесие, столкнув антарктические льды в океан. Если это произойдёт, огромная волна затопит всю планету.
После того как игиги, которые несли вахту на орбитальной станции, подтвердили реальность угрозы, аннунаки начали собираться поблизости от космопорта в Сиппаре. Однако Энлиль настоял, чтобы скрыть от людей информацию о грядущем потопе. На специальном собрании Совета Богов он заставил всех аннунаков, и особенно Энки, дать клятву о неразглашении тайны.
Последняя часть «Мифа об Атрахасисе», значительная часть «Эпоса о Гильгамеше» и другие месопотамские тексты подробно описывают последовавшие события - как Энлиль использовал Великий потоп, чтобы уничтожить человечество, и как Энки, пойдя наперекор решению Совета Богов, ухитрился спасти своего преданного сторонника Зиусудру (Ноя), объяснив ему, как построить подводный корабль, способный выдержать напор огромной волны.
Сами аннунаки по сигналу поднялись в небо на своихру-куб илани(«колесницах богов»), или ракетах, «от взгляда которых горела земля». С орбиты они наблюдали за массовой гибелью людей во время потопа. Гигантская волна буквально опустошила планету: А.МА.РУ БАР.УР РА.ТА - «Поднялись воды, и потоп вышел». Богиня Суд, создавшая человека вместе с Энки, горько рыдала: «Иштар кричит, как в муках родов… аннунакийские боги с нею плачут». Огромные волны прокатились по земле, смыв плодородный слой почвы и оставив после себя лишь слой грязи: «Там, где прошёл потоп войною, все уничтожил, превратил в глину».
В книге «Двенадцатая планета» мы обосновываем свой вывод о том, что Великий потоп, ставший причиной окончания Ледникового периода, случился около 13 тысяч лет назад.
Когда воды Всемирного потопа стали отступать и почва немного просохла, аннунаки приземлились на горе Низир («Горе Спасения») - горе Арарат. Туда же прибыл и корабль Зиусудры/Ноя, которым управлял кормчий, предоставленный Энки. Энлиль пришёл в ярость, увидев, что «семя человеческое» не погибло, но Энки убедил его сменить гнев на милость - боги, сказал он, не могут больше жить на Земле без помощи людей. «И благословил Бог Ноя и сынов его и сказал им: плодитесь и размножайтесь, и наполняйте земпю».