Первым правителем разоренных земель стал бывший царь Мари, города, расположенного к северо-востоку от реки Евфрат. Из хроник того времени мы узнаем, что он был «не шумерского семени» и носил семитское имя Ишби-Эрра. Он сделал своим центром город Исин, откуда управлял восстановлением других крупных городов, но этот процесс был медленным, трудным и временами беспорядочным. Его усилия по возрождению были продолжены наследниками, также носившими семитские имена — так называемой «династией Исина». Всего потребовалось около столетия, чтобы восстановить экономическую столицу Шумера город Ур, а затем и религиозный центр страны Ниппур. Но затем процесс постепенного возрождения стал наталкиваться на сопротивление правителей других городов, и в целом Шумер остался раздробленным.
Даже сам Вавилон, напрямую не пострадавший от Злого Ветра, нуждался в восстановленной и заселенной людьми стране, чтобы вернуть свой имперский статус, поэтому пророчества Мардука относительно его величия сбылись не сразу. Прошло больше ста лет, прежде чем власть (приблизительно в 1900 г. до н. э.) перешла к официальной династии, названной учеными Первой династией Вавилона. Минуло еще сто лет, и только тогда на трон взошел царь, достигший предсказанного могущества; его звали Хаммурапи. Наибольшую известность Хаммурапи принес свод установленных им законов — эти законы вырезаны на каменной плите, обнаруженной археологами (в настоящее время хранится в Париже, в Лувре).
Таким образом, для исполнения пророчества Мардука потребовалось около двухсот лет. Разрозненные свидетельства, относящиеся к периоду после катастрофы — некоторые ученые называют эпоху, последовавшую за гибелью Ура, «темными временами» месопотамской истории, — говорят о том, что Мардук позволил другим богам, в том числе своим противникам, позаботиться о восстановлении и заселении своих древних культовых центров, но они вряд ли воспользовались его приглашением. Восстановление страны под руководством Ишби-Эрры началось с Ура, но мы нигде не встречаем упоминаний о том, что Нанна/Син и Нингаль вернулись в город. Нинурта время от времени посещал Шумер, особенно в связи с размещением в стране войск эламитов и гутиев, но не сохранилось записей о том, что его супруга Бау вернулась в свой любимый город Лагаш. Усилия Ишби-Эрры и его преемников по восстановлению культовых центров достигли своего апогея — по прошествии семидесяти двух лет — в Ниппуре, но в хрониках нет упоминания о том, что Энлиль и Нинлиль вновь поселились там.
Куда же они все ушли? Один из способов ответить на этот интригующий вопрос — это выяснить, какую судьбу уготовил им Мардук, который теперь добился верховенства и утверждал, что может командовать всеми аннунаками.
Текстуальные и другие свидетельства той эпохи указывают, что переход власти к Мардуку не означал заката политеизма — поклонения многим богам. Наоборот, его главенство требовало сохранять политеизм, поскольку для того, чтобы быть верховным богом, необходимы другие боги. Он разрешил им существовать, но при условии, что их функции будут находиться под его контролем. На одной из вавилонских табличек (в неповрежденной части) перечисляются следующие божественные атрибуты, приписывавшиеся Мардуку
Другие боги остались — вместе со своими атрибутами, — но теперь они исполняли функции Мардука, которые он им делегировал. Он позволил поклоняться другим богам; эту политику толерантности подтверждает само имя правителя южных земель в переходный период, Ишби-Эрра («жрец Эрры», то есть Нергала). Но Мардук ожидал, что боги останутся жить в Вавилоне, который рисовало ему воображение, если можно так выразиться, пленниками в золотых клетках.
Нинурта — Мардук земледелия
Нергал — Мардук войны
Забаба — Мардук рукопашной схватки
Энлиль — Мардук власти и совета
Син — Мардук, светило ночи
Шамаш — Мардук справедливости