Ответ может быть только один: Н. Хрущёв боялся, что В. Абакумов догадался об изменениях, произошедших в его ведомстве, и сумеет дать информацию наверх о том, что в КГБ появилась интернациональная бригада, которая взялась за прежнее: репрессированние честных, нужных советскому народу граждан. Но самое главное то, что сидящий в тюрьме министр может догадаться, каким образом эта бригада проникла в КГБ.
Этого-то Никите Сергеевичу более всего не хотелось. Дело в том, что с 1945 года Хрущёв как секретарь ЦК стал куратором КГБ. Именно с его подачи из органов был отстранён ставленник Берии, неудобный для него Меркулов (кстати, потом им расстрелянный). Вся вина В.С. Абакумова была в том, что он понял, как попал под опеку хитроумного Никиты и его друзей из западных разведок. По этой причине он и допустил непростительные ошибки. Всё не так сложно, как кажется. Надо только немного подумать и разобраться в произошедшем. Именно по этой причине Абакумов стал злейшим врагом Хрущёва. Никита его боялся и делал всё возможное, чтобы добиться от него сначала признания, а после смерти Сталина и гибели.
Нетрудно понять, что Абакумов, разобравшись с деятельностью Хрущёва в КГБ, мог догадаться о цели и со всем этим связать смерть Сталина. Шестым чувством Иосиф Виссарионович догадался, что Абакумова кто-то хорошо подставил. Поэтому он и добился от суда его заключения, но не расстрела. Жаль, что Сталин с В. Абакумовым так и не встретились. Ему и Берии, наверняка, Виктор Семёнович рассказал бы о своих догадках. Но этого не произошло.
Возможно, подобную встречу Хрущёв предвидел и сделал всё возможное, чтобы она не состоялась. Но это уже из области догадок. Важно то, что и Сталин, и Берия поняли, что в КГБ происходит что-то неладное, и поэтому Иосиф Виссарионович снова вернул Лаврентия Павловича на его главный пост. Но, понимая, что борьба предстоит серьёзная не только в КГБ со ставленниками Запада, но и со своими партийными функционерами, Сталин заставил принять Л. Берию ещё и МВД.
В результате, в руках у Лаврентия Павловича сконцентрировалась огромная власть. Это произошло перед смертью Сталина. В конечном итоге вышло так, что Л. Берия оказался в положении чуть ли не виноватого в его смерти. Так недоброжелатели Л. Берии по всей стране и объявили. Ничего не скажешь, удар был нанесён вовремя. И Лаврентий Павлович остановить беду оказался бессилен. Ему осталось одно: докопаться до тех, кто убил Иосифа Виссарионовича. И он тут же начал реформы: 9 марта Берия объявил об амнистии 1,2 миллиона человек, которых незаконно посадило в тюрьму ведомство Абакумова (точнее те, кто усердно помогали Виктору Семёновичу). В отношении 400 тысяч человек были закрыты дела, в том числе и «дело врачей». Л. Берия хорошо понимал, что далеко не все кремлёвские врачи предатели и убийцы. Всех клеймить нельзя. Надо подходить к такому вопросу индивидуально.
Кроме этого, Лаврентий Павлович стал сокращать штат КГБ за границей и превращать МВД из карающего органа в направляющий и воспитательный. В результате такой работы он стал догадываться, откуда ржавчина пришла в КГБ. И кто манипулировал В.С. Абакумовым. Но слишком поздно пришёл в спецслужбы Лаврентий Павлович. Ему не хватило времени. Инициатива была не у него.