На эту духовную твердыню и сокровищницу Земли Русской и устремились хищники, и 23 сентября 1608 года воевода Тушинского царька Петр Сапега с войском из поляков и литовцев, а также с примкнувшими к ним многочисленными отрядами из тушинцев подошел к стенам монастыря. Число врагов, по показаниям пленных, простиралось до 30 тысяч. Этой вражеской силе защитники Сергиевой Обители могли противопоставить самые незначительные силы. Царь Василий Иванович прислал в монастырь небольшой отряд под начальством воевод Алексия Голохвастова и князя Долгорукого-Рощи. Кроме того, монастырь вооружил всех своих слуг, служебников и крестьян, и даже братия взялась за оружие. Так Что число защитников набралось до 2400 чел. Собралось под защиту монастыря также и все ближайшее население (между ними были старцы, женщины и дети), что Сильно осложняло положение и затрудняло защиту. Враги заняли все дороги, ведущие к монастырю, своими заставами.
Со своей стороны и осажденные энергично готовились к обороне. Воеводы совместно с архимандритом и соборными старцами привели всех защитников к крестному целованию у Раки Преподобного Сергия с обещанием крепко и непоколебимо стоять против врагов. "И оттоль,- пишет в своем сказании знаменитый келарь Троицкой Лавры Авраамий Палицын,- бысть во граде братолюбие велие и вен со усердием без измены ратовахуся со враги".
Сказание об осаде монастыря повествует о многократных явлениях Преподобного Сергия архимандриту Иосафу и пономарю Иринарху с предупреждениями об опасности и обещаниями помощи.
29 сентября воевода Петр Сапега и Александр Лисовский прислали в монастырь две грамоты воеводам и архимандриту Иосафу с требованием сдачи и обещанием награды в случае покорности, и угрожая лютой смертью всем сопротивляющимся. Но слова польско-литовских военачальников "пали, как ветер на скалу Троицкую". Воеводы и архимандрит Иосаф послали врагам суровый и решительный отказ. Жестокая борьба началась.
30 сентября враги повели на монастырь приступ со всех четырех сторон. Вражеская артиллерия осыпала монастырь ядрами. Но Преподобный хранил Обитель свою. Ядра упадали в пустые места или в пруд и сравнительно мало вреда причиняли осажденным. После длительного и жесткого боя враг отступил с большими потерями. Враги решили перейти к правильной осаде
крепости и, установив орудия, укрепив их рвами и окопами, начали обстрел монастыря из 63 орудий.
Немало приступов было сделано врагами, и неизменно Преподобный в видениях предупреждал о каждой опасности. Так, накануне одного сильного приступа пономарь Иринарх видел, как Св. Сергий ходил по ограде и кропил ее святой водой. Защитники, предупрежденные таким чудесным образом, окрылялись духом и неизменно отбивали все нападения, нанося существенный урон неприятелю. Отчаявшись взять монастырь приступом, враг стал вести подкоп под монастырь. Осажденным стало известно о подкопе под стены монастырские. Каждую минуту им грозила страшная гибель.
В эти тяжкие дни Преподобный Сергий явился архимандриту Иосафу. После усердной молитвы Иосаф впал в дремоту, и вот видит он, что Преподобный с воздетыми руками слезно молится. Окончив молитву, он обратился к Иосафу и сказал ему: "Встань, брат, бдите и молитеся, да не внидите в напасть". Следовавшая за этим вылазка дала первые сведения о подкопе. Вскоре после этого арх. Иосаф вновь имел видение. Совершая у себя в келии правило, он задремал, и вот снова приходит к нему Преподобный и говорит: "Встань, не скорби, но в радости вознеси молитвы, ибо о всех вас молится Богу Пресвятая Богородица"...
Последовавшая за этим видением вылазка 9 ноября оказалась чрезвычайно удачной для защитников, было обнаружено устье подкопа. Два крестьянина подмонастырского села Клементьева Никон Шилов и Слота взорвали подкоп, геройски пожертвовав собою для спасения Обители. Так дозором Преподобного осажденным еще раз удалось избежать страшной гибели.