Он чувствовал, что тут не один Стефан, но многие среди братии недовольны на него за введение общежития, за многие суровые правила жизни, и решил не разжигать страстей и предоставить иноков их совести. Вероятно, Высшее Водительство, всегда направлявшее его, и здесь подсказало ему это решение, ибо этим поступком он, с одной стороны, показал пример великого самоотречения, нежелание служить причиною раздора и явить хотя бы намек на придержание к власти, с другой же как бы налагал новое испытание на свою духовную паству, чтобы тем ярче выявить негодных и отобрать лучший элемент, а также заложить еще один духовный очаг. Итак, глухою ночью вышел он, одинокий, из столь любимой им Обители искать нового подвига, нового строительства. И наутро, усталый и запыленный, он у врат Махрищского монастыря, основателем и настоятелем которого был его друг Стефан. Узнав о прибытии Преподобного Сергия, Стефан велел ударить в "било" и со всею братией спешит ему навстречу. Поклонясь друг ДРУГУ до земли, ни один не хочет подыматься первым. Наконец, Сергию, как пришедшему, пришлось уступить и благословить Стефана. После продолжительной беседы любви Сергий рассказал ему о происшедшем в его Обители и просил его дать ему проводника для отыскания места для основания нового пустынного жития.
Обойдя многие пустынные места, Преподобный нашел подходящее место на реке Киржач. Там Преподобный и поселился и заложил основание храма во имя Благовещения Пречистой Богоматери. Но не долго оставался он в одиночестве. После его ухода произошло смятение в Обители. Большинство было глубоко огорчено. Наступившее тягостное настроение и безначалие тотчас же после ухода Преподобного настолько потрясло дух подвижников, что некоторые из них стали удаляться в другие монастыри, а наиболее преданные решились искать Преподобного. Долго странствовали они по необитаемым лесам Владимирской губернии без всякого успеха. Пока, наконец, некоторым из них, шедшим мимо Махрищского монастыря, удалось узнать от братии монастыря о пребывании своего Наставника. В великой радости одни из них немедленно ушли к Сергию на Киржач, другие же поспешили в свою Обитель оповестить скорбевшую братию и пришли позднее. Преподобный по-прежнему с любовью принимал их и вновь строил им кельи.
Он, всю свою жизнь искавший уединения, никогда не мог остаться один; чудесный Огонь, горевший в нем, привлекал к нему хотя бы раз увидевших его. Всю свою жизнь он отказывался от власти, никогда никого ни в чем не приневоливал, и более всего любил богомыслие и труд, а люди жаждали его слова, его наставления. Так же никогда ни от кого не ждал он помощи. Для него вся помощь была в нем самом и в Ведущей его Благодати. И, может быть, нигде так ярко не сказалась эта черта "неоскудения духовного", как в его уходе на новое заложение и строение еще одной духовной твердыни.
Когда разнеслась весть, что Преподобный основывает новую Обитель, много подражателей пришло к нему, монахов и мирских. Князья и бояре дали денежные пособия на устроение нового монастыря. При таком содействии работы по устройству нового общежития и церкви быстро подвигались.
Тем временем старцы, оставшиеся в покинутой Обители, видя, что их великая Обитель с каждым днем пустеет, решили отправиться к митрополиту Алексию с просьбой о воздействии на Преподобного. Святитель обещал им возвратить их игумена и немедленно послал к Сергию двух архимандритов Герасима и Павла с посланием, исполненным искреннею любовью и признательностью ко всем подвижническим трудам Преподобного, и увещеванием вернуться в Обитель Пресвятой Троицы и утешить плачущую в разлуке братию. "Только не ослушайся нас, и милость Божия и наше благословение всегда пребудут с тобою".
И принял Сергий, не отверг просьбу братии и митрополита, и вернулся в любимую Обитель свою. Святитель Алексий, глубоко чтивший его, немедленно прислал к нему богатую утварь для нового храма, освященного
во имя Благовещения, и вклады и дары для Обители Кирясачской. Преподобный назначил своим преемником в новоучрежденной Обители ученика своего Романа и вместе с другими, пришедшими из великой Обители к нему на Киржач, поручил ему хранить правило общежития, сам же вернулся в свою Троицкую Обитель,