Дальнейшая жизнь Ньютона стала более чем размеренной. Он считал, что теперь был абсолютно свободен, хотя на самом деле это являлось лишь иллюзией, умело созданной манипулирующими им людьми от «Вольных каменщиков». Исаак в действительности стал ещё более от них зависим, чем ранее. Потешая его манию величия, и, естественно, преследуя свои интересы и цели, они выдвинули Исаака в депутаты парламента от Кембриджского университета, дабы пополнить своё «большинство». Именно пополнить, потому что Ньютон был совсем никудышный политик. Впоследствии, они не раз его баллотировали и пропихивали в члены парламента. Про него в то время ходил анекдот, что Палата общин услышала голос Ньютона всего лишь один раз за всё время, когда он обратился к сторожу с просьбой закрыть форточку в зале заседаний.
Всё бы было ничего, но по прошествию тринадцати лет со дня смерти Барроу Ньютон, купаясь в «самостоятельности» стал показывать уже свои «зубки», властолюбие, эгоизм, черты характерного деспота, которые присущи были ему и ранее, только в скрытой форме. Он продолжал выполнять поручения «Вольных каменщиков», но только всё чаще демонстрировал свою независимость и вносил в эти поручения свои коррективы, которые лишь усугубляли дело.
Однажды возникло серьёзное противостояние преподавателей Кембриджского университета с властями, которые хотели, чтобы университет был укреплён и возглавлен католиками. В состав делегации к властям с петицией протеста от университета вошёл и Ньютон. Его люциферяне специально выдвинули, чтобы он, пользуясь своей славой и авторитетом великого учёного, сказал решительное «нет». Вместо этого Ньютон, будучи трусливой натурой, особенно перед власть имущими, промямлил непонятно что. Положение спасли другие члены делегации, и университет всё-таки отстояли. Но люциферяне Исааку этого не простили.
Спустя некоторое время зимой в кабинете Ньютона случился пожар. Причём странный пожар, возникший якобы от упавшей, зажженной свечки на столе, и как-то лихо уничтоживший работы, которые Ньютон готовил к изданию: трактаты по оптике, химии, большое «сочинение» по акустике, рукописи о цвете и свете с его многолетними опытами и другие «его» труды. Причём пожар, лаконично пройдясь по бумагам Ньютона (и даже тем из его тайника, которые «непонятным образом» очутились на столе), больше ничего не повредив, на том и закончился.
Когда же Ньютон обнаружил это пепелище у себя в кабинете, то был не просто в шоке. То, что сгорели работы, которые он при всём желании не смог бы восстановить по памяти, поскольку они были им списаны с трактатов Омара Хайяма и других древних учёных (а не лично разработаны), это одно. Но то, что на этом пепелище лежала записка, в которой указывалось, что уничтоженные им при таких-то обстоятельствах трактаты Омара Хайяма являются всего лишь арабской копией подлинников, выполненных в XIII веке, вот это по настоящему потрясло Ньютона. Причём, настолько сильно, что он был на грани сумасшествия. В течение последующих трёх лет его сопровождали припадки умопомешательства, тяжёлые психические расстройства, мания преследования.