Развязка наступила в 1689 г., по возвращении Голицына из Крыма. Началось со слухов. Пошли разговоры, что стрельцы, по наущению Софьи и начальника Стрелецкого приказа Федора Шакловитого, снова замышляют убить Петра и вдовствующую царицу Наталью Кирилловну. Напуганный этим известием, семнадцатилетний Петр ночью бежал из своей резиденции в селе Преображенском под защиту стен Троице-Сергиевого монастыря. Противостояние Нарышкиных и Милославских, Петра и Софьи приняло ничем не замаскированный характер. Однако стрельцы на сей раз повели себя очень пассивно, набат не зазвучал, сторонников у правительства не оказалось. Патриарх, выехавший для переговоров с Петром, больше не вернулся в Москву. Вслед за патриархом потянулись бояре, уходили строем с развернутыми знаменами пешие и конные полки. Софью и Голицына просто никто не хотел поддерживать, а стрельцы с готовностью выдали Петру Шакловитого. В итоге Шакловитому отрубили голову. Голицын был сослан, а Софья заточена в монастырь.
Так партия Нарышкиных пришла к власти, поднявшись на гребне национального недовольства западным влиянием. Можно без всякого преувеличения сказать, что вся страна своим сочувствием возвела на престол будущего Петра Великого вместе с его партией, с его окружением. Провозглашенная ими политика национального возрождения, если ее так можно назвать, сохранялась довольно долго — с 1689 по 1701 г. Это было время, когда к власти пришли патриарх Иоаким, вдовствующая царица, ее брат Лев Нарышкин, родственник Петра по бабушке Тихон Стрешнев, дядька царя князь Борис Голицын и, позже, князь-кесарь Федор Ромодановский, который стал ведать Преображенским приказом.
Новое правительство, будучи втянутым в войну, должно было продолжать ее, и Петр, оставив «марсовы потехи», предпринял вместе с донскими казаками в 1695 и 1696 гг. два похода для захвата турецкой крепости Азов, запиравшей выход из Дона в Азовское море. Азов был хорошо укрепленным форпостом турок. Петру, не располагавшему флотом, не стоило и мечтать о взятии крепости, гарнизон которой получал достойное подкрепление. Но молодой царь и его друзья пребывали в уверенности, что осада Азова будет ничуть не сложнее «морских походов» на Переяславльском озере или штурма игрушечной крепости у подмосковной деревни Кожухово. Естественно, первый поход 1695 г. закончился неудачей. Сняв осаду, русские отошли.
Всю зиму Петр провел в Воронеже за строительством флота и подготовкой второго похода. На новые воронежские верфи было согнано несколько десятков тысяч человек, и ценой неимоверных лишений для людей и затрат для казны к весне было построено несколько крупных кораблей. Вместе с русскими в поход на Азов выступили украинские и донские казаки, а также калмыцкая конница. И надо сказать, что успех второго штурма Азова был обеспечен не вновь построенными крупными кораблями, а небольшими маневренными лодками донских казаков. Мобильные казацкие суденышки внезапным нападением на турецкие корабли рассеяли их и позволили русскому флоту беспрепятственно выйти из Дона в Азовское море. Судьба крепости была решена, и после двух месяцев осады турки на условиях почетной капитуляции покинули Азов.
Однако сама необходимость взятия Азова была более чем сомнительна. Азовское море сообщается с Черным через Керченский пролив, а Керчь и Тамань находились в руках у турок и татар. Таким образом, взяв Азов, логично было бы начать отвоевывать выход из Азовского моря в Черное, то есть, подобно Голицыну, пытаться захватить Крым. Но ведь даже завоевав Крым и получив выход в Черное море, Россия не стала бы средиземноморской державой. Для настоящей конкуренции в Средиземном море с венецианцами и англичанами русским необходимо было получить проливы Босфор и Дарданеллы, то есть ни много ни мало — захватить Стамбул. А об этом и речи не могло идти в конце XVII в.