Головы вождей опричнины, испугавшихся татарских луков и сабель, слетели на плахах. Были казнены и князь Вяземский, и князь Михаил Черкасский, и Василий Грязной, и воевода Алексей Басманов. Сыну Алексея Басманова Федору было предложено сохранить жизнь, если он согласится перерезать горло своему отцу, и он согласился. Иван выполнил обещание: Федору жизнь сохранили — его заковали в кандалы, отправили на север, посадили в тюрьму и дали умереть там.
Конец опричнины (1572) не означал конца антисистемы. Казнена была только верхушка опричников, да и то не вся. Например, Малюта Скуратов, самый страшный из них, уже после разгрома опричнины погиб на Ливонской войне. И хотя опричнина как институт была уничтожена, она не могла не оставить последствий. Большинство людей, бывших опричниками, уцелели. Кто-то из них был поверстан уже без всяких привилегий в служилое дворянство, кто-то пошел в монахи, кто-то — в приказы. И при этом бывшие опричники оставались самими собой: сохранив головы, они чувствовали и думали точно так же, как и до ликвидации опричнины. Кроме того, многие бояре, связанные так или иначе с опричниками, остались при дворе и у власти.
Одним из таких бояр и был Борис Федорович Годунов. Всем известна характеристика, данная ему А.С.Пушкиным. Пушкин устами своего литературного героя так оценивает перспективы воцарения Бориса:
Какая честь для нас, для всей Руси!
Вчерашний раб, татарин, зять Малюты,
Зять палача и сам в душе палач,
Возьмет венец и бармы Мономаха…
В этой характеристике Пушкин многое опустил, хотя в дальнейшем он, как тонкий мыслитель и гениальный поэт, рисует образ Годунова, весьма близкий к историческому прототипу.
Борис Годунов происходил из татар, но его предки вышли из Орды еще при Иване Калите, то есть за 200 лет до его рождения, и, конечно, его происхождение не могло иметь решающего значения. «Вчерашний раб» принадлежал крупному боярскому роду и сам был окольничим при Иване Грозном. Окольничий — второй по старшинству чин после боярина. Так называли доверенных людей, находившихся около царя, его советников. Борис Годунов был умный человек, прекрасный волевой администратор, именно поэтому он выдвинулся при Иване Грозном, а после его смерти возглавил правительство, чему способствовал тот факт, что сестра Бориса была замужем за сыном Ивана — царем Федором.
Безвольный, добрый и благочестивый Федор, который начинал свой день с молитвы: «Дай, Господи, никому не сделать ничего плохого», — находился «в полной воле» Годунова, практически самовластно управлявшего страной от его имени. Первыми мерами, принятыми Годуновым после смерти Ивана Грозного, стали: укрепление границ, заключение почетного мира с Речью Посполитой, восстановление крестьянского хозяйства. Кроме того, была успешно проведена война со шведами. С началом правления Бориса народ, по словам современников, «отдохнул».