Иван III отчетливо понимал недостаточность достигнутых успехов. Существование сильной литовской партии в Новгороде и союзного Литве золотоордынского ханства ставило под сомнение выполнение Новгородом своих обязательств перед Москвой. Поэтому Иван III стремился к окончательному подчинению Новгорода и низвержению Золотой Орды. Воспользовавшись тем, что «младшая чадь новгородская» жаловалась ему на пролитовски настроенных бояр, просила защиты и называла его «государем», Иван III в 1478 г. предъявил новгородцам новые требования и выступил в новый поход. Программа его была лаконична: «Вечу не быти, посаднику не быти, а государство все нам держати». После непродолжительного сопротивления новгородцы подчинились воле великого князя. Символ старинной новгородской вольности — вечевой колокол — был снят и отправлен в Москву, а десятки знатнейших семейств Новгорода были переведены («испомещены») в области великого княжения как служилые люди.
Так закончилась история последнего этнического осколка Древней Руси, включенного в состав нового этноса. Пример Новгорода — это блестящий пример умирания этнической системы, при котором, как правило, исчезают не сами люди. Люди-то как раз остаются и входят в состав новых этносов, но окончательно исчезает определенная система поведения, некогда связывавшая этих людей воедино, делавшая их «своими». Вместе с независимостью Новгорода исчезли все стереотипы поведения, характерные для вечевой Руси, а сами люди сохранили лишь память о своем происхождении.
Безусловно, присоединение Новгорода к Москве явилось вершиной объединительной политики Ивана III. Однако этим дело не кончилось. В 1484 г. на Москве «известно учинилось», что тверской князь Михаил Борисович заключил договор с великим князем литовским Казимиром. Такой договор стал прямым нарушением соглашений Михаила с Иваном III, и великий князь московский объявил Твери войну. Помощь с Запада, обещанная Казимиром, как всегда, не пришла, и Михаилу ничего не оставалось, как признать главенство Ивана III и «взять мир». Меж тем тверские бояре целыми семействами покидали своего князя и били челом Ивану III, прося принять их на службу. Лишаясь поддержки своего окружения, Михаил Борисович вновь «уставил ряд» с Казимиром, и это погубило его окончательно. Объявив Михаила изменником, Иван III двинул к Твери войска и осадил город. Преданный ближними боярами, тверской князь бежал в Литву, а на княжение в Тверь был посажен сын Ивана.
Летом 1480 г. золотоордынский хан Ахмат подошел с войском к пограничной московской реке Угре, северному притоку Оки, и стал там лагерем, ибо ждал помощи от своего союзника — Казимира. Ожидания его оказались напрасны: как опытный политик, Иван III предвидел грядущие столкновения с Ахматом, и направленный против него русско-крымский союз действовал. Потому Казимир вынужден был бросить свои силы на защиту Литвы от крымского хана Менгли-Гирея. Московская рать встала на противоположном берегу Угры, но ни Иван III, ни Ахмат не рискнули начать сражение. Знаменитое «стояние на Угре» продолжалось до глубокой осени. Исход его решил рейд русско-татарского отряда под командованием воеводы Ноздреватого и царевича Нур-Даулет-Гирея в тыл Ахмата, в Поволжье. Узнав об угрозе своим владениям, Ахмат быстро отступил. А Иван III, почувствовав силы противостоять хану, изгнал его послов и отказался возобновить выплату дани.