В 1896 году Дюбуа опубликовал книгу, в которой рассказал о своих находках. На экземпляре, подаренном Геккелю, исследователь начертал: «Изобретателю питекантропа от его открывателя». Однако научный мир не спешил видеть в костях, привезённых в Европу, останки обезьяно-человека, к тому же, предка людей. По этому поводу разгорелись не шуточные страсти. Так Вирхов, изучив строение костей, высказался весьма категорично: обломок черепной крышки принадлежит гигантскому гиббону, а бедро — человеку. Антрополог Кизс считал, что Дюбуа привёз останки дегенерата, которого, к тому же, в детстве ударили по голове, так как черепная коробка слишком плоская. Во время проведения Международного зоологического конгресса, проходившего в Нидерландах в 1895 году, в центре дискуссии оказались кости привезённые из Индонезии. Каждый из маститых учёных, съехавшихся на конгресс со всего мира, считал своим долгом осмотреть находку и подержать в руках тяжёлую крышку черепа. Вероятно, этой тёмно красной кости головы было назначено самой судьбой стать символом революционных перемен в науке. Авторитетное собрание к консенсусу так и не пришло. Дело дошло до голосования. Но преодолеть разногласия голосованием тоже не удалось.
Позднее Дюбуа, дезориентированный мнением учёных, стал считать, что обнаружил шимпанзе, который ходил как человек. Но объём черепа этого существа был значительно больше, чем у человекообразных обезьян. Основываясь на этом, он переименовал питекантропа в «шимпанзе прямоходящего». При этом его нисколько не смутило, то, что шимпанзе водятся в Африке…
Между тем споры об удивительной находке не утихали, и в них вмешались фантасты. Так Герберт Уэллс доказывал, что исследователь нашёл кости не человека и не шимпанзе. Питекантроп, по его мнению, являлся обезьяной, разгуливавшей на двух ногах и имевшей прямую человеческую осанку. Фантаст считал, что в доисторические времена по свету разгуливали двуногие обезьяны с огромной головой. В спор вмешалась церковь. Отец Джон Лайтерун из Кембриджа точно подсчитал, что Создатель сотворил человека в 9 часов утра 23 октября 4004 года до рождества Христова. О каких древнейших обезьяно-людях, в этом случае, вообще было уместно вести речь… О находке предлагалось просто забыть. Дюбуа, не выдержав критики, обрушавшийся на него со всех сторон, в конце концов, упрятал кости в сейф и почти четверть века не позволял их некому осматривать. А в конце жизни, он, неожиданно согласился со своими многочисленными оппонентами и стал считать, что Яванские кости принадлежат гигантскому гиббону.
Этой находке суждено было стать яблоком раздора между теми кто был уверен, что человек был создан Творцом и теми, кто считал, что он произошёл от обезьяны. Находка была подвергнута столь серьёзной критике ещё и потому, что учёный люд и общество того времени не могли смириться с мыслью о том, что в одном существе соединялись вместе признаки человека и обезьяны. Покатый лоб, низкий свод черепа, уплощённые теменные кости и мощный надглазничный валик — всё это можно найти и у человекообразных обезьян. Но объём черепа у шимпанзе от 350 куб. см, а у горилл от 400 до 600 куб. см это меньше, чем у меньше питекантропа. Его голова вмещает в себя 900 куб. см и приближается к объёму мозга современного человека. Бедренная кость выдаёт в её владельце прямоходящее существо близкое к современному человеку. Исследователи прошлого не хотели верить, что перед ними останки человека с головой обезьяны…
Между тем, если принять, что дегенерация начинается с головы, то и первые негативные изменения надо искать внутри, а затем и снаружи головы. «Выключение» тех зон мозга, которые ответственны за общественное и разумное поведение, способствует их дисфункции. Вследствие этого изменяется форма и сокращается объём мозга. Это приводит к морфологическим изменениям головы, а затем и организма в целом.
Деградация успела изменить череп питекантропа, снабдив его обезьяньими чертами. Сократился мозг. (Для сравнения: нижняя граница мозговой ёмкости у современных людей 1000 куб. см) Однако костяк этого существа остался по-прежнему человечьим, он претерпел не столь значительные изменения. С этих позиций питекантроп предстаёт перед нами как двуногий вырожденец в чистом виде…